Analytical News: Introdotto nuovo metodo di sequenziamento DNA per i crostacei

I crostacei (Crustaceae), chiamati colloquialmente anche "granchi", rappresentano un gruppo ecologicamente ed economicamente molto importante con oltre 50.000 specie conosciute. Molte specie hanno una grande importanza commerciale nella pesca o sono allevate in modo intensivo in acquacoltura.

Nonostante l'alta percentuale di acquacoltura, la pesca di crostacei selvatici rimane elevata. Il gruppo di crostacei più ricco è quello dei decapodi (Decapoda). Comprende specie e gruppi di specie rilevanti dal punto di vista commerciale, come gamberi, aragoste, granchi e astici.

Dal punto di vista linguistico, tuttavia, c'è molta confusione. Ad esempio, la prelibatezza colloquialmente nota come "granchio" non è affatto un granchio dal punto di vista zoologico. Il nome corretto dell'animale noto come "granchio" è gambero del Mare del Nord (Crangon crangon). Tuttavia, anche il termine "gambero" non è un termine zoologicamente definito, ma si limita a raggruppare specie diverse in base a caratteristiche esterne. I gamberi, come quelli del Mare del Nord, sono spesso venduti sgusciati e, a differenza dei veri granchi, non hanno chele. A seconda del paese d'origine, i piccoli gamberetti rosa sono chiamati anche scampi, gamberoni, cameroni (in spagnolo) o crevettes (in francese). Anche gli altri crostacei disponibili in commercio, come le gambas, i gamberoni, i gamberi tigre e i gamberetti di mare, sono considerati gamberetti. Il granchio commestibile, invece, da cui provengono le chele spesso offerte, è un vero granchio. Gli animali marini con chele simili a quelle delle aragoste, come gli scampi (scampo, chiamato anche scampo o langoustine), le aragoste e gli astici non appartengono ai gamberi, ma ad altri generi di crostacei.

Nel 2015, la NDR (North German Broadcasting) ha scoperto diversi casi di frode in ristoranti che pubblicizzavano gli scampi nel menu. Tre casi hanno riguardato rappresentanti della specie Penaeus monodon, detta anche gambero gigante. Due volte si è trattato della specie Litopenaeus vannamei, che viene offerta tra l'altro come "gambero bianco". Poiché gli scampi hanno un prezzo molto più alto, era ovvio il sospetto che non si trattasse solo di un caso di confusione linguistica.

Metodi affidabili di identificazione delle specie sono quindi indispensabili per individuare eventuali false dichiarazioni dovute ad errori di denominazione inconsapevoli o addirittura a frodi.

Il metodo applicato è il sequenziamento del DNA. Nel sequenziamento del DNA, viene amplificata una specifica sezione di DNA di un gene per determinare la sequenza di basi del DNA all'interno di una reazione di sequenziamento. Identificata la sequenza di basi, viene inserita in un database pubblico di sequenze e confrontata con un gran numero di specie note. La sequenza che mostra una chiara omologia con la sequenza utilizzata e che differisce in modo significativo dalle altre specie corrisponde alla specie ricercata.

Il metodo di controllo ufficiale nella “Official Collection of Test Methods for the Identification of Crustacean Species” si basa sul sequenziamento di un frammento di DNA ribosomiale 16S (16S rDNA).

Tuttavia, questo metodo di analisi ufficiale presenta alcune carenze, ad esempio alcune specie non possono essere identificate con questo sistema. Inoltre, il frammento è relativamente corto, con 312 paia di basi, il che rende l'affidabilità dell'identificazione più bassa rispetto a frammenti più lunghi. Pertanto, presso il Max Rubner Institute (MRI) sono stati testati altri sistemi di sequenziamento nell'ambito del progetto europeo SEATRACES.

Uno di questi sistemi di sequenziamento si basa sul gene cox1 e amplifica un segmento di DNA di circa 660 coppie di basi. Questo metodo si è rivelato più adatto nella validazione ed è stato quindi presentato da MRI come NWIP (New Work Item Proposal) come proposta per un nuovo progetto di sviluppo da sottoporre all’attenzione del  comitato per la standardizzazione a livello CEN.

Il vostro plus: questo sistema è stato validato internamente da AGROLAB LUFA ed è risultato idoneo per eterminazione affidabile dei crostacei nelle materie prime e nei prodotti grezzi. Combinandolo con un sistema di strumenti per il sequenziamento rapido del DNA su base capillare, che è stato introdotto l'anno scorso, AGROLAB LUFA sta ora ampliando il suo portafoglio per includere l'identificazione delle specie di crostacei oltre a quella di pesci e tonni. Il tempo di risposta dopo il ricevimento del campione è di sole 72 ore!